SJTA 的组织结构反映了管理局扩大的服务和部门，具体如下：

委员会 – 管理局的职责由由州长任命的七名委员和两名当然内阁官员组成的委员会执行：交通运输专员（有表决权的成员）和新泽西州经济发展局专员（无表决权）。执行董事向委员会报告。

执行部门负责大西洋城高速公路、大西洋城国际机场和交通服务的日常运营。其他职责包括但不限于监督所有部门活动、战略规划、维护规章制度以及制定政策举措和目标以推进管理局的使命。这是根据 SJTA 的核心价值观、现行立法、行政命令及其授权立法框架进行的。

SJTA 也是南泽西交通规划组织 (SJTPO) 的行政东道主。SJTPO 是大都市规划组织 (MPO)，服务于新泽西州南部的大西洋县、开普梅县、坎伯兰县和塞勒姆县。SJTPO 充当技术资源，提供资金渠道，并致力于提供区域性方法来解决交通规划和工程问题。

执行部由执行董事 Stephen F. Dougherty 负责监督。Dougherty 先生的直接报告人包括参谋长 David Zappariello、首席现场运营官 James Sullivan、首席行政官 Paul Heck 和首席财务官 Karen Davis。

SJTA 的其他九个部门包括：

机场部门负责监督大西洋城国际机场的所有运营，包括机场标准和程序、联邦航空管理局 (FAA) 法规、航站楼安全和安保、航空公司租户和商业机会，以及 2022 年使用该机场的 955,947 名乘客的维护和服务。机场主任蒂莫西·克罗尔 (Timothy Kroll) 负责监督该部门。

工商管理部负责监督企业管理、人力资源、管理大西洋城高速公路广告牌的户外广告计划以及经济发展。工商管理总监 Colleen Hackett 负责监督该部门。

工程部负责大西洋城高速公路和大西洋城国际机场的资本项目和环境缓解措施的设计和建设。工程总监兼总工程师 Stephen M. Mazur 负责监督该部门。

运营部负责运营大西洋城高速公路。这包括（但不限于）道路维护和保养、旅行者信息系统、车队、高速公路州警察运营管理以及紧急服务巡逻队 (ESP)。运营总监 Nelson W. Wiest 负责监督该部门。

财务部负责预算、资本计划和管理局的所有会计、采购和财务职能以及工资和债务管理。它还负责指导管理局进行的所有金融交易，例如债务发行、再融资以及长期和短期投资。财务总监兼财务主管 Karen Davis 负责监督该部门。

企业信息部负责开发、运营和维护 SJTA 的软件、硬件和信息系统。这包括所有财务和行政信息系统、连接设施的广域网 (WAN) 以及所有软件和硬件程序和流程。企业信息服务经理 Joeseph Mahoney 负责监督该部门。

收费技术部负责管理和维护管理局的电子收费系统、E-ZPass 运营以及全电子收费的实施。该部门还解决顾客对 E-ZPass 的疑虑，包括应答器、错过收费和违规行为。交通技术总监 Joel T. Falk 负责监督该部门。

营销与传播部负责向公众通报管理局新闻并处理所有媒体关系。该部门负责制定 SJTA 的一般活动、一般营销和道路广告活动。该部门还负责发布公共信息、将 OPRA 请求转达给相关官员，并通过活动、出版物、促销、外展计划和社区关系促进公共关系。参谋长 David Zappariello 负责监督该部门。



交通服务部运营的路线侧重于增加公共交通服务不足地区的就业机会。该部门还通过与多所大学、县和公司达成的共享服务协议提供班车服务。该部门突出了其社区服务功能，在卡姆登县推动了一项强大的送餐上门计划。这些运营由拨款和雇主捐款资助，服务于大西洋县、卡姆登县和格洛斯特县。交通服务部主任 Dominic D'Amico 负责监督该部门。